A Ilha do Caju é o resultado de cinco gerações de espírito ecológico, o que a torna única em todo o litoral brasileiro. Nessa imensidão, onde florestas de mangues se misturam a restinga e dunas gigantescas, permeiam cursos de água e vários exemplares da flora e fauna ameaçados de extinção.
Habitada primeiro pelos índios tremembés - que, diz a história, eram valentes guerreiros, temidos em todo o Delta - a Ilha era denominada de Pará-mirim e Punaré. Os tremembés foram catequisados pelos padres jesuítas, em forma de aldeamentos, e no ano de 1660, a Ilha foi visitada pelo Pe. Antônio Vieira, que tinha o nome tupi de Pahy-assú - o Pé Grande. No dia 21 de abril de 1727, o cacique Manoel Miguel recebe a posse da Ilha. Em 1758, Sebastião José de Carvalho e Melo, o Marquês de Pombal, expulsa os jesuítas do Brasil, confisca todos os seus bens e ocasiona o desaparecimento dos aldeamentos indígenas do Delta.
Em 1776, a Ilha do Caju foi arrematada, em leilão, pelo criador de gado João Paulo Diniz que introduziu ali a pecuária. A carne bovina, era salgada e exportada para o pará, para outras partes do Brasil e para Portugal.
Posteriormente, no dia 18 de agosto de 1847, o empobrecimento dos herdeiros de João Paulo Diniz, ocasionou a venda da ilha para o tenente -coronel Domingos José Gonçalves e sua esposa, dona Torquata da Cunha e Silva Castello Branco Gonçalves, por dois contos de reis, o equivalente a 250 cabeças de gado.
Após o falecimento do tenente-coronel Domingos José Gonçalves e sua esposa, a Ilha passou a pertencer aos seus filhos, Dr. Malaquias Antônio Gonçalves e Dr. Sigismundo Antônio Gonçalves. Com a morte de ambos, a filha do Dr. Malaquias, Eugênia Mendes Gonçalves D'amorim torna-se a nova proprietária da Ilha. Eugênia era também neta do barão João José de Rodrigues Mendes, casada com Alberto de Loyo Amorim, filho do barão da casa forte.
No dia 21 de julho de 1919, Alberto de Loyo Amorim, vende a Ilha a um cidadão britânico casado com a sobrinha dos Drs. Malaquias e Sigismundo Antônio Gonçalves.
A Ilha do Caju assume sua vocação ecológica devido aos esforços de seus proprietários, que vem mantendo a Ilha em seu estado primitivo e cultivando a harmonia entre o homem e a natureza, desde 1847. Lá é proibido a pesca predatória, a caça, o molestamento dos animais e o desmatamento.
Declarada Área de Proteção Ambiental Estadual (APA Delta Do Parnaíba) - decreto nº 11. 899/91, de 11 de junho de 1991 e Área de Proteção Ambiental Federal (APA Delta do Parnaíba) -decreto sem nº, de agosto de 1996.
A fauna é variada, nela se inclui tatus, cotias, gatos-maracajás, tamanduaís, tucanos, jacarés de papos-amarelos, guaxinins, veados, raposas, pica-paus, jacus, macacos de várias espécies, guarás, colhereiros, garças, jacus, marrecas, tartarugas marinhas (tartaruga cabeçuda), botos e muitos outros. Afinal, todos no delta sabem, que a Ilha do Caju é o refúgio destes animais, por ela ser a proteção natural de seu habitat.
Visando deter a marcha da devastação desse ecossistema rico e frágil, o respeito pela natureza e pelos hábitos da comunidade local são difundidos através de programas de educação ambiental e desenvolvimento sócio-econômico sustentável, que objetivam resguardar esse paraíso para o seu uso racional presente e para as gerações futuras.